Maturanti v roce 1938 dostali vedle svého vysvědčení také propagační letáky Hlaste se k letectvu a staňte se důstojníky letectva z povolání nebo v záloze! Byl to jeden z mnoha signálů, že klidná dvě desetiletí první republiky končí. Do roka začala druhá světová válka.
Život v Kladně se ovšem výrazně změnil už 17. března 1939, kdy do města vstoupila německá okupační vojska. O čtyři dny později zabrali Němci budovu reálného gymnázia a načas zastavili výuku. Během následujících let se podobná situace opakovala několikrát. Studenti si často nosili učení domů, do školy chodili jen tu a tam. Učitelé museli krátit vyučování. Školní zahrada se změnila v políčko národní pomoci, kde se pěstovaly brambory. Řada studentů i pedagogů prošla – především ke konci války-totálním nasazením, ať už na území protektorátu nebo Třetí říše. V období protektorátu zažila škola nejčernější dny své historie. Jako klubíčko nití se 10. června 1942 ve zdejší tělocvičně propletly osudy lidických žen. Tady bylo násilím přerváno nejposvátnější z lidských pout, pouto mezi dítětem a matkou. Tady ženy před deportací do koncentračního tábora v Ravensbrücku mnohdy naposledy viděly své děti. Když se v roce 1946 na témže místě konala smuteční tryzna, zhruba třetina ze 174 internovaných žen chyběla. Nedožily se konce války. Ze všech lidických dětí přežilo zřejmě jen 17. Dnes tuto událost připomíná pamětní deska a bronzová socha Lidické madony od Marie Uchytilové, umístěná v parku před školou.
V roce 1946 se u maturit používaly ještě protektorátní česko-německé formuláře. Někdo ale pečlivě zaškrtal německé názvy. Začala obnova vlasti, po dvou desetiletích klidu se pomalu uzavřelo desetiletí více jak z poloviny prožité v nesvobodě. Kdo mohl čekat, že následujících deset let bude podobně svízelných.
V únoru 1948 začalo desetiletí přestavby, desetiletí označované dnes jako budování socialismu. Byl to, řečeno jazykem dobové propagandy, čas radostné práce, sběrových akcí, prvomájových průvodů, čas politicky-ideologických nástěnek. Stovky studentů vyjížděly do okolí na brigády-řepné, chmelové, bramborové, opravovat větrolamy u silnic, pomoct pracujícím na dole Fierlinger nebo do lesů v Železné Rudě.
Sbíralo se kdeco, od papíru (na ten byly dokonce kvóty) přes léčivé byliny, lesní plodiny, textilie a kosti až po jilmová semena. Zavedla se branná cvičení, každý student musel vědět, jak se zachovat v případě leteckého, pozemního i chemického útoku. Hodiny začínaly přednesem povinné politické aktuality. Dopisy uzavíralo strohé Pětiletce zdar! Socialismu zdar! a Se soudružským pozdravem.
Tu a tam se projevila studentská vzdorovitost-vždyť to častokrát byli studenti, kdo našel odvahu upozornit společnost na negativní politický vývoj. Taková drobná studentská provokace ale mohla ve své době mít dalekosáhlé důsledky. Žáci III. C, kteří v den narozenin T. G. Masaryka v roce 1950 překryli Stalinův portrét (!) obrazem Beneše a Masaryka, si to možná uvědomili teprve v okamžiku, kdy jejich prohřešek začal prošetřovat místní národní výbor. Naštěstí pro studenty vše skončilo jen kázeňským postihem-a samozřejmě nápravou stavu. Na 1. máje měla dotyčná třída nejlepší výzdobu z celé školy.
Nad některými dobovými akcemi dnes kroutíme hlavou. Na počátku 50. let se například padesát studentů školy v rámci akce hromadného objednání sazenic moruší rozhodlo vysadit v okolí sedm set těchto jihoasijských stromů. Původní plán udělat z Československa hedvábnou velmoc ovšem ztroskotal, protože pro morušovníky u nás nebylo příznivé klima.
I v této době se škola podílela na kulturním životě města. Pěvecký sbor pořádal osvětové koncerty ideologicky prověřených písní, konaly se přednášky-škola byla institucí, jež měla jít vzorem.
Vše ale vzalo rychle zasvé na konci šedesátých let. Školu čekala dvě šedá desetiletí normalizace.